治疗工伤期间公司垫付了医疗费的，结算费用中包含了医疗费用的，应当从中扣除。
根据《
工伤保险条例》第三十条规定，工伤职工治疗工伤的医疗费用，符合规定标准的，从工伤保险基金支付。
工伤事故都是突发事件，治疗抢救期间都不可能完成工伤认定，医疗费用一般需要先行垫付，待工伤认定后申报结算。
公司在治疗工伤期间垫付了医疗费用的，在出院时没有与社会保险机构结算的，在之后与社会保险经办机构结算的，社会保险机构与其它赔偿费用一并结算的，支付的费用中包含了医疗费用，用人单位应当从中扣除。
社会保险机构支付的赔偿费用应当有清单，工伤职工可以要求用人单位出具清单核对是否包含医疗费用。
