签了劳动合同，同时也有补充协议有违约金5万等

只有在以下两种情况才存在支付违约金的问题：
1、用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
2、用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。 建议你自己对照一下单位的行为是否合法。

第一：你与单位是否签订了劳动合同？第二：单位是否未你缴纳了社保？ 基于以上两个问题：单位未签订劳动合同或者未缴纳社保的话，你可以书面通知单位，解除劳动关系，书面通知到达时，就与单位解除劳动关系，并可以要求双倍工资和经济补偿金。
如果单位在解除劳动合同时应给予配合并出具相关离职证明，如果不予配合，可提请劳动仲裁，要求单位配合，另外关于违约金是不需要支付的。

违约金是指当事人一方违反合同时应当向对方支付的一定数量的金钱或财物。房屋租赁协议违约金应该付多少，　　
一、房屋租赁协议违约金应该付多少　　
(1)违约金由双方协商确定，没有数额的限制，一般是根据双方预测的因一方违约可能带来的损失大小来确定的。　　
(2)发生一方违约后、守约方要求违约方承担违约责任时，如果约定的违约金“低于”实际发生的损失，守约方可以起诉到法院请求增加违约金;如果约定的违约金“过分”高于实际损失，违约方可以起诉到法院请求减少违约金。　　
二、违约金　　
1、依不同标准，违约金可分为：　　
(1)法定违约金和约定违约金;　　
(2)惩罚性违约金和补偿性(赔偿性)违约金。合同法施行之前，中国的违约金制度兼容以上各种形态，合同法则做了全新的规定。　　
2、根据现行合同法的规定，违约金具有以下法律特征：　　
(1)是在合同中预先约定的(合同条款之一);　　
(2)是一方违约时向对方支付的一定数额的金钱(定额损害赔偿金);　　
(3)是对承担赔偿责任的一种约定(不同于一般合同义务)。