你好，我想请问一下因为我违规了我们公司的规定，然后公司那边解除了劳动合同而且扣除了我整个月的奖金，合法吗？

申请劳动仲裁并不意味着跟公司解除劳动合同。申请劳动争议仲裁，是仲裁某个劳动争议事项，如拖欠工资、不付加班费等，但在仲裁过程中你仍要继续上班工作。一旦仲裁裁定单位应发放工资、补偿加班费等后，仲裁就结束了。
至于你和单位的劳动合同是不以仲裁而影响。

企业按政府要求关停，用人单位解除劳动合同是合法的，用人单位应当按照《劳动合同法》规定，向劳动者支付经济补偿金（每服务一年支付一个月工资）。　　《劳动合同法》　　第四十四条　有下列情形之一的，劳动合同终止：　　
（一）劳动合同期满的；　　
（二）劳动者开始依法享受基本养老保险待遇的；　　
（三）劳动者死亡，或者被人民法院宣告死亡或者宣告失踪的；　　
（四）用人单位被依法宣告破产的；　　
（五）用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的；　　
（六）法律、行政法规规定的其他情形。　　第四十六条　有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：　　
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；　　
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；　　
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；　　
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；　　
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；　　
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；　　
（七）法律、行政法规规定的其他情形。　　第四十七条　经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。　　劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。　　本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

公司单方降薪的行为是违法的。
依据《劳动合同法》五十一条规定：“用人单位在制定、修改或者决定直接涉及劳动者切身利益的劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
”
公司没有经过职工大会或全体职工讨论单方降薪是不合法的。
那么劳动者可以根据《劳动法》第三十二款 第三项 “用人单位未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件的” 劳动者是可以向用人单位解除劳动合同的。
另外你可以根据《劳动合同法》（2008年1月1日实施）第三十八条、四十六条、四十七条、八十五条、八十七条的规定要求公司给予相应的补偿金和赔偿金.