公司在两个月内不支付工资并直接扣除员工的全部工资而不给公司在工作中造成任何损失是违法的

1、《劳动合同法》第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：　　
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；　　
（二）未及时足额支付劳动报酬的；虽然《劳动合同法》有此规定，但实际操作中不是死搬法条这么简单。
2、发薪日是在劳动合同里面规定的吗？假如规定每月10号，结果推迟了3-10天才发，并且用人单位也已经出具了延迟发放的通知，且拖欠的时间未超过一个月，即没有超过劳动法规定的一个工资发放周期，什么叫拖欠，劳动保障法律法规上没有一个准确的时间界定，实践中一般按一个月计。所以很难就此推断用人单位违法。
3、由此员工提出辞职，如无其他证据的话经济补偿金的诉求劳动仲裁一般不予支持。

用人单位违法扣工资的情形如下：
一、请假扣3倍工资违法
我国《劳动法》明确规定，劳动者有休息休假的权利，在节假日自愿工作应该有加班费，平常工作日请假也是劳动者的权利。
劳动者如果请事假，则工资的计算公式为：(
21.75天-请假天数)×日工资。
二、孕期女职工产检扣工资违法
根据《女职工劳动保护规定》的相关规定，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间。
三、用人单位为捐赠 强扣工资违法
根据《公益事业捐赠法》第4条的规定，职工有权自行决定捐款的数额，
是否捐款以及如何捐款都必须出于职工的自愿，任何用人单位都不得强行扣除职工的工资。
四、员工辞职 单位扣工资违法
《劳动法》第50条规定：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
因此，用人单位有上述扣工资的行为时，劳动者可以按照应付工资讨薪，向监察部门投诉，申请劳动仲裁等等。

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。 劳动部《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》（劳部发[1995]309号）第63条规定，企业克扣或无故拖欠劳动者工资的，劳动监察部门应根据劳动法第九十一条、劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条、《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条予以处理。
《中华人民共和国劳动法》第九十一条的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
《违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条规定，用人单位 克扣或者无故拖欠劳动者工资的，应责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可责令按相当于支付劳动者工资报酬、经济补偿总和的一至五倍支付劳动者赔偿金。
你可以依照相关证据，举报到劳动监察部门或通过劳动仲裁解决。