被上诉人借款期满不还，债务人起诉至人民法院，人民法院判借款人官司，金额较大实行费很大，我想问一下实行费如今申请办理由官司人担负合理合法吗？法律法规适用吗？必须哪些程序流程吗？

债务人同意偿还已过诉讼时效的债务后，不能反悔。因为欠条超过诉讼失效后，该债权债务就成为自然债务，即债权人丧失依诉讼程序保护其权利的可能性，不再有胜诉的可能，更不能请求法院强制执行。
在这个情况下，债务人作出同意偿还的承诺或者履行偿还义务，则意味着和债权人达成了一个新的协议，此时会重新开始计算诉讼时效，债务人仍负有还款义务。　　《民法通则》第一百三十八条超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。
　　《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第二十二条诉讼时效期间届满，当事人一方向对方当事人作出同意履行义务的意思表示或者自愿履行义务后，又以诉讼时效期间届满为由进行抗辩的，人民法院不予支持。

（一）债务纠纷起诉，重视诉讼时效。我国《民法通则》第135条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年”。第140条规定：“诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算”。为此债权人要充分重视到这一点，否则时效一过，债权就失去了法律的保护。
（二）债务纠纷起诉，重视担保期间。《担保法》第25条规定：“一般保证的保证人与债权人未约定保证期间的，保证期间为主债务履行届满之日起6个月”、“在合同约定的保证期间和前款规定的保证期间，债权人未对债务人提起诉讼或者申请仲裁的，保证人免除保证责任”。这就是说，在期间内债权人不仅要求保证人承担责任，还必须对债务人提起诉讼或仲裁，否则保证人免除责任。《担保法》第26条规定：“连带责任的保证人与债权人未约定保证期间的。债权人有权自主债务履行期朋满之门起6个月内，要求保证人承担保证责任”、“在合同约定的保证期间和前款规定的保证期间，债权人未要求保证人承担责任的，保证人免除保证责任”。这就是说，在期间内债权人如不要求保证人承担责任，那么期间后将免除保证人责任。
（三）债务纠纷起诉，申请执行的期限。根据生效的法律文书，享有权利的债权人，在债务人拒绝履行义务时，可以请求人民法院依法强制执行，但申诮执行的权利必须在申请的期限内行使。
（四）债务诉讼程序中，搞好证据收集。诉讼证据在民事诉讼中占有重要的地位，债权人只有凭借证据才能证明白己诉讼请求的正确性和合法性。为此，在经济活动中，债权人必须重视平时文书、文件、各类合同文本、各类单据、票据、函件电报等书证的保存，也要重视物证以及电话录音、传真资料等视听资料的收集。

如果债务人借债不还的，当事人协商无效的，债权人有权向人民法院提起诉讼，请求人民法院判决债务人偿还债务。　　所以，员工借公司的钱不还的，公司在协商无效的情形下，公司有权通过诉讼方式要求员工还钱，但是否提起诉讼，由公司自行根据实际情况进行决定。
　　相关法律规定：《中华人民共和国民事诉讼法》　　第三条　人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
　　第二十一条　对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。　　对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
　　同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。