如果员工离职，公司将扣留他三个月的工资，并从他当年的工资中扣除一个百分比。他怎么能抱怨呢？

申请劳动争议仲裁。
工资是用人单位依照法律法规的规定和劳动合同的约定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬。根据劳动部《工资支付暂行规定》第九条和各地规定，劳动合同依法解除或者终止时，用人单位应当在解除合同时一次性结清工资，工资应当支付到离职之日止，一般应在3日内结清工资。

用人单位不依法结清工资的，申请劳动争议仲裁。

劳动部
《工资支付暂行规定》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。　　
一、如果是给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资：　　
1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；　　
2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。　　
二、如果是给个人工作，不算劳动关系，可以直接去法院起诉该个人老板，要求支付劳动报酬。　　《劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：　　
（一）因确认劳动关系发生的争议；　　
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；　　
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；　　
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；　　
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；　　《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。　　《工资支付暂行规定》第十八条　各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

自己辞职是没有经济补偿的，除非是因为公司有以下违法行为导致你辞职的：用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。 用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。