5月的社会保险从这个月的工资中扣除了，是合法的吗

会代扣代缴社会保险。在劳动关系存续期间，用人单位有代扣代缴社会保险的义务。劳动关系存续期间包括工作日、休息休假、用人单位安排停产待岗等时间。法律依据：《社会保险法》第六十条　用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。　　无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。

劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;　　
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;　　
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。　　此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：　　
(1)国家法律、法规中有明确规定的;　　
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;　　
(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;　　
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准;　　
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资

　社保缴费基数按员工类型来定，原则上每年度只约定一次，新员工入职按入职时当月的工资来申报，老员工每年度按上年平均工资来申报。
　　这里有一个特殊情况，社保缴费基数规定有上下限，最高不可以高于当地上年社平工资的3倍，最低不能低于当地上年社平工资的60%。
　　也就是员工工资如果低于上年社平工资的60%，那也是按社平的60%缴纳，如果高于上年社平工资的200%，就按社平的200%。