当我们进入工厂时，代理要求他们签署一份承诺，如果他们三个月不工作，他们将扣除600元的工资。我们工作了40多天，因为我们不适应这份工作，我们通过正常的辞职程序离开了这份工作，但工资也是从工厂扣除的。他们的做法合法吗？

可以去当地劳动行政部门投诉能或者去劳动仲裁委员会申请劳动仲裁！、工资支付暂行规定：
第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。辞职一般有两种情形，一是依法立即解除劳动关系。如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求;二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同关系。
　　根据以往的劳动仲裁案例，员工这时需要注意两方面的事情：　　一方面，一定要以“书面”形式通知企业。　　用邮件的方式辞职是不行的，邮件通常没有证据的作用，且邮件保留在企业的服务器里，离职员工不容易提取证明。
　　员工这时需要书面形式的辞职信，在纸质的辞职信上，需要有员工亲笔签名，辞职信一般交给直接上级或企业的人力资源部。　　辞职信给了企业，员工怎么能证明自己已经按劳动法的要求，用“书面”形式通知企业了呢?员工这时能做的，只能是在递交书面辞职信的时候，跟企业要一个收到辞职信的回执。
　　如果这个不太容易办到，那只能用人证，人证在劳动仲裁的时候可能有用，在法庭通常效用不高，因为人证一般是企业的同事，法庭可以认为是利益相关者。　　另一方面，要办理工作交接。
　　按劳动法，员工虽然到30天的时候可以不再上班，但一定要办理工作交接。当然工作交接是企业安排的，如果企业不安排，也最好写一份工作交接清单，用书面的形式，对工作及自己工作时间的安排进行说明，递交给直接上级或人力资源部，一式两份，自己保留一份企业盖章或相关人员签字的。
　　不办理工作交接，企业可以暂扣工资，直到交接后再发放，一直不交接就一直不发。企业还可能会在员工转档案，转社保，开离职证明时，为难员工。虽然扣留档案与社保不符合劳动法规，可参考：辞职时要考虑的四个法律问题(点击打开)，但经常有企业这么做，打官司会导致离职成本的增加。
　　辞职时，作为员工把该做的事情做好，与企业保持协商与沟通的态度，大部分企业都会予以合法的对待。对于少数不守法的企业，员工只有用法律武器保护自己的正当权益了。

单位不办理离职手续，劳动者能否申请劳动仲裁？
可以的。一般来说，以下劳动争议属于劳动仲裁的受案范围：
1、因企业开除、除名、辞退职工和职工辞职、自动离职发生的争议；
2、因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护的规定发生的争议；
3、因履行劳动合同发生的争议；
4、依照法律、法规规定应由劳动争议仲裁委员会受理的其他劳动争议。