公司在原因休假超过员工正常上班时间的情况下，公司应该如何支付员工的工资

可以申请劳动仲裁。
根据《工资支付暂行规定》第12条的规定，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准;若劳动者没提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
第四根据《劳动法》十七条　用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
第四十八条　国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
根据《劳动法》第九十一条　用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：

按时支付工资是单位的义务，当单位违反了法定的义务时，劳动法也赋予了劳动者单方解除劳动合同的权利，如劳动合同法第38条第二款，未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。这种解除可以随时提出，不用提前30天。
那么，如果认定“及时”支付呢?我国《工资支付暂行规定》只是规定用人单位应在与劳动者约定的日期支付工资，并没有对“未及时”规定具体的期限。　　当企业正常经营的情况下，各省市地方对迟发工资一般给出了几天宽限期。
北京地区“北京市09年会谈纪要”规定了一个七天的期限，也就是说用人单位应当在与劳动者约定的日期内支付工资，但最迟不得超过工资结算支付周期届满后七日。如果工资支付日遇节假日或休息日时，应当提前在最近的工作日支付。
　　当企业遇到生产经营困难的问题时，也可以规定延期支付工资的期间。对《工资支付暂行规定》有关问题的补充规定中对“拖欠”工资做了一个解释，即单位确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间最长限制由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定。
而《北京市工资支付规定》用人单位因生产经营困难暂时无法按时支付工资的，应当向劳动者说明情况，并经与工会或者职工代表协商一致后，可以延期支付工资，但最长不得超过30日。
　　如果未经过向职工说明情况及征得工会或者职工代表同意，那么延期支付工资不得超过7日，延迟工资超过上述期限的，可以提出解除劳动合同，不需要提前30日。劳动合同中的“即使有法律规定可以解除合同的情形，仍要提前30天通知公司”的条款违反法律规定，属无效条款。

根据《劳动法》规定，每日工作不得超过8小时，每周必须安排劳动者休息一天，而且每周不能超过44小时的工时制度。用人单位延长员工时间的，那么要提高工资报酬。
　　法律依据：《劳动法》
　　第三十六条 国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
　　第三十八条 用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。