我和开发商签订了一个补充协议，其中有一项这样写了，办理房产证、土地证和车库所有权证费用由甲方承担。请问？甲方现在向我要契税，我该怎么办？

我国法律规定,逾期还没有办理房产证的,应该按照商品房的买卖合同的约定来承担违约的责任,没有来约定违约金或损失的数额很难确定的,购房人则可以按照已经付了购房款的总额,参照中国人民银行所规定的金融机构关于计收逾期的贷款利息的标准来计算。出卖人应该承担的违约责任分为三种期限:
(一)商品房的买卖合同所约定的有关办理房屋所有权的登记的期限;
(二)商品房的买卖合同的标的物为尚未建成房屋的,自房屋交付使用之日起90日;
(三)商品房的买卖合同的标的物为已竣工房屋的,自合同订立之日起90日。

现在许多车库作为房产的附属房，没有产权证书，双方签订协议，一般法律效力。
　　法律依据《中华人民共和国合同法》
　　第十二条　合同的内容由当事人约定，一般包括以下条款：
　　
（一）当事人的名称或者姓名和住所；
　　
（二）标的；
　　
（三）数量；
　　
（四）质量；
　　
（五）价款或者报酬；
　　
（六）履行期限、地点和方式；
　　
（七）违约责任；
　　
（八）解决争议的方法。
　　当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。

房屋买卖开发商办理房产证的流程：
1、初始登记：开发商办理初始登记是自己办理房产证流程的必要前提条件。根据《商品房销售管理办法》第34条的规定，房地产开发企业应当在商品房交付使用之日起60日内，将其办理房产证所需材料报送房屋所在地房地产主管部门。
2、填写申请表：申请表填写之后需要开发商签字盖章。有的开发商手中会有现成的盖好章的表格，只需到开发商处领取并填写就行了。
3、拿会测图/表：由于测绘表是登记部门确定房产证上标注面积的重要依据，因此是必需的材料之一。
可以到开发商指定的房屋面积计量站申请并领取测绘表，或者带身份证直接到开发商处领取，也可以向登记部门申请对房屋面积进行测绘。
4、领取相关证件：在前面询问相关部门时，一定要明确需要领取哪些必要的申请文件，一次齐全。
这些文件包括购房合同、房屋结算单、大房产证复印件等。填写好的申请表需要请开发商审核并盖章。
5、缴纳公共维修金，契税：公共维修基金一般由房产所在地区的小区办收取，部分城市已经开始由银行代收公共维修基金，缴纳的方法可以询问开发商的办事人员。
需要注意的是，无论是小　区办收取还是银行代收，都必须保留好缴纳凭证，这两笔款项的缴纳凭证是办理房产证的必需文件，一旦遗失会影响获得房产证。
6、按照规定时间领取房产证：一定要保存好管理部门给的领取证书的通知书，并按照上面通知的时间领取房产证。
另外，在缴纳印花税和产权登记费、工本费时需仔细核对房产证的记载，尤其是面积、位置、权利人姓名、权属状态等重要信息。