我10月14日离职，公司在9月份的薪资中扣取了单位应微纳部分社保费这样合法吗？

单位能从员工的工资中代扣下列费用：
1、用人单位代扣代缴的个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。法律依据：单位能从员工的工资中代扣下列费用：
1、用人单位代扣代缴的个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
1、用人单位代扣代缴的个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
4、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

厂里扣员工工资一般是不合法的，但如果是代扣代缴社保、个税等费用，则是合法的。员工的工资应当每月以货币形式按时足额进行发放，不得克扣或者无故拖欠。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第七十七条
用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。

《工资支付暂行规定》第七条
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。
工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第八条
对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。

第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

社保通常是工资发放时单位同意扣除之后直接划拨到社保账户里面，工资发放标准一般是次月发放上月工资，所以扣除的社保也是上个月的社保，依次类推就形成了当月缴纳上个月的社保。
对于社保缴纳，是当月交当月的，但是扣款是从下个月开始扣除。

法律依据：
《社会保险法》第六十条
用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。

《社会保险法》第六十一条
社会保险费征收机构应当依法按时足额征收社会保险费，并将缴费情况定期告知用人单位和个人。

《社会保险法》第六十二条
用人单位未按规定申报应当缴纳的社会保险费数额的，按照该单位上月缴费额的百分之一百一十确定应当缴纳数额；缴费单位补办申报手续后，由社会保险费征收机构按照规定结算。