员工通过系统app有打卡记录，但实际上还没有上班，怎么办？

可以，打卡记录电子版属于电子数据，可以作为仲裁证据。根据相关法律规定，劳动争议发生后，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人申请仲裁须自劳动争议发生之日起60日内到劳动仲裁部门领取、填写、并提交申请书。法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第七十九条 劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第十二条 当事人申请劳动争议调解可以书面申请，也可以口头申请。口头申请的，调解组织应当当场记录申请人基本情况、申请调解的争议事项、理由和时间。
《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十三条 证据包括：（一）当事人的陈述；（二）书证；（三）物证；（四）视听资料；（五）电子数据；（六）证人证言；（七）鉴定意见；（八）勘验笔录。证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。

要求员工打卡的目的是为方便考勤管理，实现对劳动者是否按劳动合同约定从事劳动进行更低成本的监督，也便于记录和管理加班时长。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条当劳动者多次漏打卡的行为可以被法庭解读为“严重违反用人单位的规章制度的”的情况下，用人单位可以依法解除劳动合同。至于如何判断劳动者漏打卡是否达到“严重违反用人单位的规章制度”，可以咨询所在地区的执业律师。法庭会对用人单位规章制度的合法性与合理性进行审查。用人单位规章制度的制定过程及内容需要遵从法律规定。对于如何判断是否达到“严重违反”的程度，目前没有明确的法律定义或司法解释，法官将可能综合考虑劳动者违反规章制度的动机、违反次数、违反的直接后果及影响、用人单位遭受的损失等。如劳动者违反规章制度的行为仅是偶发的、造成的损失不大、后果影响较小，一般不会被认定为“严重违反”。
在遇到员工漏打卡的场景时，用人单位应当先考虑自身打卡考勤方式是否合理，打卡是否方便，是否可能导致劳动者易遗忘，有无优化空间，并根据劳动者工作内容及岗位性质判断是否需要为该岗位制定打卡考勤要求。
在处理员工漏打卡的事件时，建议人力同事或部门主管先行与其沟通其漏打卡的原因，识别是主观过失遗忘还是主观故意，对于两种主观态度的处理方式应有所区别。
应当清晰地在用人单位规章制度中列明公司关于打卡考勤的要求，为劳动者打卡提供赋能培训和方便的条件，并周期性地向违规员工澄清打卡考勤对于公司的经济价值以及员工频繁违反打卡规定后给公司带来的后果、影响和损失（如增加公司考勤管理成本，损害有序管理）。在劳资关系领域“不教而诛”是许多国家动法所严厉禁止的。
用人单位虽然不能因员工漏打卡而处罚劳动者，但可以在职级晋升、涨薪、配股等方面优先考虑那些未漏打卡的劳动者。

依据我国相关法律的规定，公司制度是可以要求职工打卡的，打卡是证明劳动者劳动时间的重要证据，如果员工对打卡制度不服的，可以协商解决，协商不成的可以申请劳动仲裁。