综合工时制的加班工资应当按照平时加班按照平时工资的
1.5倍来进行发放,周末加班是两倍工资发放,法定节假日三倍工资发放,依据劳动部法律依据:《关于企业实行不定时工作制综合计算工时工作制的审批办法》第五条的规定,综合计算工时工作制采用的是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间,但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。也就是说,在综合计算周期内,某一具体日(或周)的实际工作时间可以超过8小时(或40小时),但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间,超过部分应视为延长工作时。