如果旷工三天算自离职，公司是否需要支付之前扣押的工资？还是按公司的员工手册执行？

《劳动法》赋予用人单位有制定和执行劳动纪律和规章制度的权力。旷工是一种违反劳动纪律的行为。旷工严重的，甚至会被用人单位除名。用人单位依据劳动纪律和规章制度的规定对其予以处分和罚款，是一种正常的企业管理。
至于对旷工的处罚是法规允许企业应有的自主权。

一般来说，劳动合同不存在自动解除，如果公司规章制度有明确规定，连续旷工3天要辞退，那么公司是可以辞退你的，并且不用支付任何经济补偿。但是公司不能视为劳动合同自动解除，应当出具解除劳动关系通知书并注明解除的原因。
且公司无须给付经济赔偿金。

擅自离职，解除劳动合同当日是工资结算日，单位拖欠工资的，可以到劳动监察大队投诉，由劳动监察大队责令用人单位期限发放工资，逾期不支付的，还要加付赔偿金； 协调不成当事人再申请劳动仲裁。擅自离职给用人单位造成实际损失的，单位也可以依法要求劳动者赔偿。 《劳动合同法》第三十七条规定：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。 《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。 《劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金： 　　
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的； 　　
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的； 　　
（三）安排加班不支付加班费的； 　　
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。 依据《劳动合同法》第九十条以及《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》第四条之规定：劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同,对用人单位造成损失的,劳动者应赔偿用人单位下列损失:
(一)用人单位招收录用其所支付的费用;
(二)用人单位为其支付的培训费用,双方另有约定的按约定办理;
(三)对生产、经营和工作造成的直接经济损失; 劳动合同约定的其他赔偿费用。